Arbetet med Sjunet leds av en förvaltningsgrupp bestående av representanter från anslutna organisationer samt Ineras förvaltare av Sjunet. Förvaltningsgruppens uppgift är att främja utveckling och användning av Sjunet, samt att det gemensamma regelverket efterföljs. Respektive representant svarar även för information och förankring av Sjunet i respektive verksamhet.